Når urten er opsamlet, er det tid til at få urten op at koge. Denne urtkogning varer som regel 1 time, og bevirker, at urten bliver steriliseret og klar. Endvidere bliver der i dette trin tilsat humle, som tilfører bitterhed og aroma til det færdige slutprodukt. Man opdeler humlen i bitterhumle og aromahumle, hvoraf bitterhumlen koger med hele kogningsperioden, og aromahumlen kun koger med de sidste 5-10 min, da de aromatiske humleolier forsvinder ved længere tids kogning. Kogningen hjælper også til, at proteinerne i urten udfælder, som i sidste ende hjælper på klarheden af øllet. Klarheden kan også optimeres ved at tilsætte irish moss de sidste 10 af kogningen, der virker ved at binde til proteinerne, så de udfældes. For at få dimethylsulfid (DMS) ud af urten, er det vigtigt at få urten til at bulderkoge uden låg, hvormed DMS fordamper, da DMS ellers kan give bismag til det færdige øl. Hvis man laver julebryg eller andre øl der kræver krydderier, tilsætter man dem ofte de sidste 10 min af kogningen. Ved længere tids kogning kan der nemlig trækkes uønskede bitterstoffer ud af krydderierne.